Geen Beeldenstorm in 1566
Karel V onderwierp in 1543 Gelre en Arnhem aan zijn macht, maar dat betekende niet dat hij klakkeloos zijn wil kon opleggen. Protestantse predikers verkondigden de leer van Luther en Calvijn en hekelden de katholieke opvattingen van de paus en Karel V. De politieke en godsdienstige tegenstellingen werden versterkt door de economische teruggang en de slachtoffers die de pest maakte. In Arnhem stierven in 1565 elke dag zo’n zes tot zeven inwoners aan de ziekte. Hoewel de Beeldenstorm van 1566 aan de stad voorbijging, nam de zoon van de Spaanse generaal Alva, don Frederik, in Arnhem geen halve maatregelen. Aanhangers van de nieuwe leer werden in de Rijn verdronken of op de Grote Markt levend verbrand.
Beeldenstormen in 1578 en 1579
In 1578 kon de protestantse leer zich onder bescherming van de nieuwe stadhouder Jan van Nassau in Arnhem vestigen. De Broerenkerk werd in bezit genomen, waarbij een flink aantal heiligenbeelden sneuvelde.
Een jaar later, toen de predikant Johannes Fontanus in de Grote of St. Eusebiuskerk een uitvaartdienst hield, voelden de rooms-katholieken zich bedreigd. Ze namen wapens mee naar de kerk, waarop soldaten de kerk bezetten.Een tweede beeldenstorm, nu in de Eusebius- en in de Walburgiskerk, was het gevolg.
Ook de kloosters binnen en buiten de stad ontkwamen niet aan de zuivering. In april 1581 werd het calvinistische geloof de enig toegestane godsdienst in de stad. Katholieken, maar ook Lutheranen, konden niet meer in het openbaar hun geloof belijden. Ook ‘paepsche stoutigheden’ als dansen op bruiloften, het zetten van de schoen voor Sinterklaas, het proosten op elkaars gezondheid en carnaval werden verafschuwd door de voorgangers en het stadsbestuur.
In de loop van de 18e eeuw kwam meer vrijheid. De Lutheranen mochten in 1737 een nieuw kerkgebouw op de Korenmarkt betrekken. Om de hoek in de Varkensstraat vonden de katholieken toevlucht in een schuilkerk, de Eusebius-statie. De Joden kregen een eigen begraafplaats en hadden een huis in de Walstraat ingericht als synagoge.